Военно-морские Силы Азербайджана начали формироваться после того, как англичане покинули Азербайджан в августе 1919-го года. До того времени защиту западных берегов Каспийского моря обеспечивали английский боевые корабли. А корабли Каспийского военно-морского флота были угнаны в Порт-Петровск в ходе освобождения Баку, и были возвращены лишь после прихода англичан в Баку в ноябре 1918-го года.

Во вновь созданном азербайджанском военно-морском флоте среди высокопоставленных офицеров было только два азербайджанца - капитан морской службы Гасан Чилингарзаде, служивший на корабле “Ардахан”, и капитан 1-го ранга Гитанчизаде, служивший на корабле “Астрабад”. Поскольку в Военном Министерстве не было отдела, занимавшегося вопросами флота, Каспийским военно-морским флотом занималось Министерство транспорта.

В конце 1919-го года при Генеральном штабе был создан специальный военно-морской отдел с 6 штатными единицами. В целом в состав Азербайджанского Каспийского военно-морского флота входили две канонерские лодки, оснащенные 75, 100 и 120 миллиметровыми пушками - “Ардахан” и “Карс”, служебные и вспомогательные суда “Астрабад”, “Гойтепе”, “Араз”, “Нарген”, транспортное судно “Орел”, военный пароход “Пушкин”, а также катера в необходимо количестве.

С целью подготовки кадров для военно-морского флота на базе Бакинского Морского Авиационного Училища было создано Специальное военно-морское авиационное училище, а 14 октября 1919 года было создано подразделение морской авиации.

С целью улучшения технической оснащенности в меморандуме, представленном на Парижской мирной конференции было обращение за оказанием помощи в оснащении флота подводными лодками, боеприпасами в необходимом количестве и прочими необходимыми средствами, и подана заявка на поставку 6 подлодок, боевых катеров различных видов, морского артиллерийского вооружения. В связи с падением Азербайджанской Народной Республики в 1920 году создание сильного военно-морского флота оказалось невозможным.

После обретения независимости Парламент Азербайджанской Республики принял Закон “О вооруженных силах Азербайджанской Республики” 9 октября 1991 года, в котором устанавливалась правовая основа для создания Военно-морских сил в составе Вооруженных сил. Согласно договору между обретшими независимость бывшими республиками СССР - Россией, Казахстаном, Туркменистаном и Азербайджаном, в качестве Прикаспийских государств, к Азербайджану перешли все базы Каспийского военно-морского флота, располагавшиеся на его территории, а также 25 процентов боевых кораблей флота.

26 июля 1992-го года на патрульном корабле “Бакылы” впервые был поднят трехцветный Государственный флаг независимого Азербайджана, и страна приступила к созданию своих собственных Военно-морских сил. На начальном этапе в состав Военно-морских сил вошли пять дивизионов, укомплектованных различного типа кораблями, и сухопутные подразделения. Начала восстанавливаться деятельность наблюдательных постов и маяков, расположенных в Каспийском бассейне.

С целью участия в боях за Карабах из личного состава морских и сухопутных подразделений Военно-морских сил в кратчайшие сроки был сформирован Полк морской пехоты. Полк был отправлен 19.04.1994-го года на фронт с целью предотвращения вражеского наступления в Агдамско-Тер-Терском направлении, и 25 июля 1994 года, по успешном завершении боевой задачи, полк вернулся в расположение своей части.

Согласно указу, подписанному общенациональным лидером Гейдаром Алиевым в 1996 году каждый год 5 августа отмечается как День военно-морских сил Азербайджана.